年病原宏基因组文章盘点
历史的年轮滚滚向前，光阴淹没在岁月之中；回望，分子生物学从20世纪50年代开始到一直处于生命科学领域中的核心位置，为人类健康保驾，为生命溯源护航；但，从未像去年这样贴近老百姓的生活。抱着“贴近科学，走进科学”的态度，再次一起回顾宏基因组测序技术应用在临床病原微生物检测中的“那些事”。
1论文ID
原名：PerformanceofMetagenomicNext-GenerationSequencingfortheDiagnosisofViralMeningoencephalitisinaResource-LimitedSetting.
文章类型：前瞻性研究
期刊：OpenForumInfectDisIF:3.
通讯作者：HongNTT
通讯作者单位：牛津大学临床研究室
主要内容
01
研究背景
脑膜脑炎是一种全球性的毁灭性疾病，病*是脑膜脑炎最常见的病原，但基于传统检测技术，约50％以上的患者无法明确病原。宏基因组测序技术已成为传染病诊断泛病原体检测方法，但在资源有限的地区进行的研究很少。因此，本研究评估了宏基因组学技术在越南连续治疗的成年脑膜脑炎患者脑脊液样本中检测泛病*的潜力。
02
研究方案
入组样本
纳入年1月-年9月在越南医院脑部感染患者例，同时纳入2个阴性样本。
评估参数
培养、显微镜观察(细菌、真菌、结核分枝杆菌)、PCR(HSV、VZV)、血清学检测(登革热病*、乙脑病*、腮腺炎病*)结果及患者基本信息。
评估标准
纳入的患者(≥18岁)具有腰椎穿刺适应症(取脑脊液)；排除疑似化脓性脑炎(脑脊液混浊)患者。
03
研究结果
共名患者入组，包括结核性脑膜炎(n=)、脑膜脑炎(n=79)和其它已经发表诊断结果的样本(n=38)。在诊断出脑膜脑炎的79例患者中，有66例(84％)的脑脊液样本用于宏基因组分析，本次结果重点统计这66份样本。
常规诊断测试结果：在15/66(22.7％)患者中发现了病*。单纯疱疹病*是最常见的病因(n=7)，其次是腮腺炎病*(n=4)、登革热病*(n=2)、乙脑病*(n=1)和水痘带状疱疹病*(n=1)。
mNGS检测结果：常规检测阳性的15例样本，mNGS检出7例，分别为5例单纯疱疹病*，1例水痘带状疱疹病*，1例腮腺炎病*。常规诊断阴性的51例CSF样本中，mNGS在24例样本(48％)中发现嗜神经性病*相关序列，检测到的病*包括肠病*(EV，n=23)和轮状病*(n=1)。经PCR验证后，EV阳性的样本数从23例减少到7例，即增加mNGS检测后，66例样本共确定23例样本的病原(常规检测和mNGS)。
额外PCR检测结果：由于常规诊断未将针对病*(EV和MuV)的PCR检测作为常规诊断的一部分。因此，为了进一步评估研究患者中这些病*的患病率，作者将PCR检测扩展至mNGS分析呈阴性的CSF样品，又检出4例MuV。
通过常规检测和扩展检测，共19例阳性样本，mNGS在14/19样本中鉴定出病*。在16/47例PCR阴性样品中检测到EV相关reads。因此，以PCR为参考，mNGS的敏感性和特异性分别为74％(14/19)和66％(31/47)。
比较二代测序平台与三代测序平台的检测效力，在6个基于PCR检测阳性的CSF样本中，通过三代MinION纳米孔测序在5个CSF样本中检测到病*。通过二代MiSeq平台进行的mNGS检测，在这5个MinION阳性样本中，有1个为阴性，其他4个为阳性。
讨论
1.在66位患者中，单纯疱疹病*7例，肠病*7例，占比较大。其中，肠病*在最初出院时未诊断出，后期需要将肠病*感染也列为重点