呼吸系统是支原体、衣原体经常侵害的系统，支原体、衣原体感染呼吸系统后，根据感染的具体部位，表现出的症状也会有所不同。如感染咽部引起咽炎则表现为咽痛、声音嘶哑等咽部不适；若支原体感染支气管或肺部则引起支气管炎、肺炎等呼吸道感染，主要症状表现为感染性的发热、咳嗽咳痰和呼吸困难等症状。若病原体入血还可能引起全身性的不适和其他系统的感染。